Seperti yang kita telah bahas sebelumnya bahwa ikan Koi atau Ikan mas koi mempunyai badan yang berbentuk seperti torpedo dengan perangkat gerak berupa sirip. Adapun sirip-sirip yang melengkapi bentuk morfologi ikan koi adalah sebuah sirip pungung, sepasang sirip dada, sepasang sirip perut, sebuah sirip anus, dan sebuah sirip ekor. 

Sirip ini terdiri dari jari-jari keras, jari-jari lunak, dan selaput sirip. Alat yang mampu sebagai tenaga dorong dari ikan koi terletak pada selaput sirip yang juga merupakan sayap, (Susanto, 1997). Tubuh ikan koi di tutupi kulit yang terdiri dari kulit luar dan kulit dalam. Kulit luar berfungsi sebagai pelindung terhadap kotoran yang ada di permukaan tubuh dan sekaligus mencegah masuknya hama penyakit, sedangkan kulit dalam mengadung zat warna (pigmen) yang antara lain dapat berupa Santofora (kuning), Melanofora (hitam), Guanofora (putih berkilauan), Eritrofora (merah).

Bentuk kepala ikan koi mirip ikan mas koki, tetapi pada ujungnya di lengkapi sepasang sungut. Sungut ini sebagai alat indra yang berfungsi untuk mencari makanan sewaktu berada dalam lumpur. (Efendi H, 1993). Dengan adanya bermacam-macam zat warna inilah tubuh koi tampak lebih bervariasi (Bachtiar Y, 2002). 

Sel warna ini mempunyai corak yang sangat kompleks yang dengan cara kontraksi memproduksi larutan dengan 4 macam sel warna yang berbeda. Adapun keempat sel yang di produksinya adalah Melanophore (hitam), Xanthopore (kuning), Erythrophowre (merah), dan Guanophore (putih). Organ perasa dan sistem syaraf mempunyai hubungan yang erat dengan penyusutan dan penyerapan sel – sel warna. Organ ini sangat reaktif sekali dengan cahaya. 

Tempatnya di antara lapisan epidermis dan urat syaraf pada jaringan lemak, yang terletak di bawah sisik (Susanto. H ,2005).
            

Ikan koi memiliki warna yang bermacam-macam mulai dari hitam, merah, putih, kuning, keemasan, orange, biru, gading dan berbagai corak lainnya. Ikan koi ada yang mempunyai warna dasar satu warna, dua warna, tiga warna dan bahkan ada yang empat warna. 

UNtuk mengetahui lebih detail dentang Morfologi Ikan Koi anda dapat melihanya dalam bentuk gambar dibawah ini.