Menurut Antonimus(2005) secara umum morfologi ikan lele sangkuriang tidak memiliki banyak perbedaan dengan lele dumbo yang selama ini banyak dibudidayakan. Hal ini tersebut dikarenakan lele sangkuriang sendiri merupakan hasil silang dari induk lele dumbo. Ciri khusus lele sangkuriang yaitu memiliki alat pernafasan tambahan berupa arborescent, bentuk kepala pipih mendatar, bentuk tubuh bulat panjang, ekor bulat, memiliki 2 pasang sungut, berkulit licin, berlendir, dan tidak bersisik. Bentuk kepala menggepek(depress), dengan mulut yang relative lebar, mempunyai empat pasang sungut. Lele sangkuriang memiliki tiga sirip tunggal,yakni sirip punggung,sirip ekor,dan sirip dubur.

Sementara itu, sirip yang berpasangan ada dua yakni sirip dada dan sirip perut. Pada sirip dada(pina thoracalis) dijumpai sepasang patil atau duri keras yang dapat digunakan dipermukaan tanah atau pematang. Pada bagian atas ruang rongga insang terdapat alat pernapasan tambahan (organ arborescent), bentuknya seperti batang pohon yang penuh dengan kapiler-kapiler darah.

Ikan Lele sangkuriang (Clarias sp.)  termasuk ikan konsumsi yang teknik budidayanya sudah dikuasai sampai tingkat produksi masal di masyarakat. Ikan ini termasuk ikan yang cenderung predator terutama pada ikan yang lebih kecil. Tahun 2010, BBPBAT kembali melakukan pengembangan terhadap ikan lele sangkuriang. Kali ini lembaga penelitian plat merah ini mengawinkan lele sangkuriang dengan lele dari sungai Nil, Afrika. Indukan jantan merupakan lele sangkuriang F6 sedangkan indukan betinanya F2 dari Afrika. Indukan dari Afrika ini bobot tubuhnya bisa mencapai 7 kg, diharapkan bisa mendongkrak sifat unggul bagi turunannya.

BBPBAT mengklaim lele sangkuriang II bisa tumbuh 10 persen lebih cepat dari generasi sebelumnya. Ukuran tubuhnya pun lebih bongsor dan yang terpenting lebih tahan terhadap penyakit. Saat ini ikan lele sangkuriang II belum dilepas untuk umum. Ikan ini masih harus melakukan uji multilokasi. Dari keterangan tertulisnya, BBPBAT melakukan uji multilokasi di Bogor, Boyolali, Gunung Kidul dan Kepanjen.

Baru pada tahun 2000-an, pemerintah lewat BBPBAT melakukan penelitian untuk meningkatkan kembali kualitas lele dumbo. Dengan menggunakan metode silang balik (back cross) ternyata lele dumbo bisa diperbaiki kualitasnya. Kawin silang balik yang dilakukan BBPBAT adalah mengawinkan indukan betina generasi ke-2 atau biasa disebut F2 dari lele dumbo yang pertama kali didatangkan pada tahun 1985, dengan indukan jantan lele dumbo F6.

Perkawinannya melalui dua tahap, pertama mengawinkan indukan betina F2 dengan indukan jantan F2, sehingga dihasilkan lele dumbo jantan F2-6. Kemudian lele dumbo F2-6 jantan ini dikawinkan lagi dengan indukan F2 sehingga dihasilkan ikan lele Sangkuriang. Proses penelitian ikan lele Sangkuriang memakan waktu yang cukup lama. Dua tahun setelah itu benih lele Sangkuriang baru diperkenalkan secara terbatas. Pengujian dilakukan pada tahun 2002-2004 di daerah Bogor dan Yogyakarta. Baru pada tahun 2004, dikeluarkan Keputusan Menteri Kelautan tentang pelepasan varietas ikan lele Sangkuriang kepada publik.

Perbandingan yang paling mencolok antara ikan lele dumbo dengan ikan lele Sangkuriang antara lain, adalah kemampuan bertelur (fekunditas) ikan lele sangkuriang yang mencapai 40.000-60.000 per kg induk betina dibanding lele dumbo yang hanya 20.000-30.000, derajat penetasan telur dari ikan lele sangkuriang lebih dari 90% sedangkan lele dumbo lebih dari 80%.

Dilihat dari pertumbuhannya, pembesaran harian ikan lele sangkuriang bisa mencapai 3,53% sedangkan lele dumbo hanya 2,73%. Dan, konversi pakan atau Food Convertion Ratio (FCR) ikan lele sangkuriang mencapai 0,8-1 sementara lele dumbo lebih besar sama dengan 1. FCR merupakan nisbah antara berat pakan yang diberikan dengan berat pertumbuhan daging ikan. Semakin kecil nisbah FCR semakin ekonomis ikan tersebut dipelihara. Penamaan ikan lele Sangkuriang mengambil nama seorang anak dari cerita mitologi Sunda. Dalam cerita tersebut adalah seorang anak bernama Sangkuriang yang berhasrat mengawini ibunya sendiri. Mungkin karena hal itulah nama ikan lele Sangkuriang menjadi nama varietas lele hasil silang balik.

Lele sangkuriang dapat hidup di lingkungan yang kuatitas airnya sangat jelek.Kuatutas yang baik untuk pertumbuhan yaitu kandungan O2 6ppm,CO2 kurang daru 12 ppm,suhu(24-26)C,pH(6-7),NH3 kurang dari 1ppm dan daya tembus matahari ke dalam air maksium 30 cm. Ikan lele sangkuriang dikenal aktif pada malam hari(nocturnal).Pada siang hari,ikan lele lebih suka berdianm lubang atautempat yang tenang dan aliran air tidak terlalu deras. Ikan lele mempunyai kebiasaan mengaduk-aduk lumour dasar untuk mencari binatang-binatang kecil(bentos) yang terletak di dasar perairan.

Untuk memili induk yang baik pada ikan lele sangkuriang dapat dilakukan dengan mengikuti beberap tahap dibawah ini seperti yang pertama:

Induk betina bertanda :

Induk jantan mempunyai tanda :

Pemijahan adalah proses pertemuan induk jantan dan betina untuk mengeluarkan sel telur dan sperma.Tanda induk jantan siap kawin yaitu alat kelamin berwarna merah.Induk betina tandanya sel telur berwarna kuning(jika matang berwarna hijau).Sel telur telah dibuahi menepel pada sarang dan waktu 24 jam akan menetas menjadi anakan lele.